Podivín patří do povodí Dyje, které spadá do širšího povodí Moravy. Páteřním tokem města je řeka Dyje, s jejími levostrannými přítoky - Trkmankou a Ladenskou strouhou (bývalým starým ramenem Trkmanky), která protéká centrem města, poté, co míří dál na jihovýchod k Ladné. Z hlediska možného povodňového ohrožení je mezi těmito toky velký rozdíl, a to v rozloze jejich sběrných povodí Dyje je delší a mohutnější v západní části katastru relativně v bezpečné vzdálenosti od zástavby města (Podivín byl od nepaměti ostrovem v Dyji), Trkmanka a hlavně Ladenská strouha zasahují do zastavených částí a mohou zde působit škody na pozemcích, v garážích a sklepech rodinných domů.
Dyje (dříve též Thaya) je řeka na území Jihomoravského kraje. Je to významný pravostranný přítok Moravy. Její délka je 235,4 km, povodí zabírá 13 419 km². Na území katastru města se jedná o tok, ve kterém dochází ke zvýšení hladin v delším časovém odstupu od kritických dešťových srážek z důvodu vleklého charakteru toku pod Pálavou, kde jsou hlavní povodňové vody zachytávány retencí Novomlýnských nádrží. Z toho důvodu je relativně dostatečný časový prostor pro organizační zabezpečení protipovodňových opatření.
Je říčka v Podivíně, která přitéká ze severu od Ždánic, Kobylí a Velkých Pavlovic do západní části katastru Podivína, kde se vlévá do Dyje. Je rozhodným tokem protipovodňového varování města, neboť na něm se zvýšení hladiny z různých zdrojů projeví nejdříve.
Je potok protékající centrem zástavby Podivína, který teče souběžně s Trkmankou ale nikde se s ní nestéká, neboť samostatně směřuje k Ladné. Je rozhodným tokem protipovodňového varování města, neboť na něm se zvýšení hladiny z důvodu bleskových povodní vyvolaných prudkou srážkovou činností nad katastrem Podivína projeví nejdříve.
Letní hydrologický režim
Půdorys říční sítě města má v základních rysech u Dyje, Trkmanky i Ladenské strouhy přímý tvar. Nebezpečí povodní hrozí jak z letních přívalových a déletrvajících srážek, tak z jarního tání.
Zimní hydrologický režim
Ledové jevy, které by ohrožovaly město Podivín se ve významnější míře nevyskytují. Pokud by došlo k zalednění na Dyji, Trkmance nebo Ladenské strouze, je tento jev výrazně omezen hlubším korytem toků, kdy k nápěchům nemůže na řídce rozmístěných mostcích ani lávkách docházet. Na druhé straně nehroz anií významné zvýšení hladin při jarním tání sněhové pokrývky neboť celý katastr Podivína leží v nížině Dolnomoravského úvalu.